براي بررسي مولكول mRNA نيز از الكتروفورز اسيد نوكلئيك ،بلاتينگ (لكه گذاري )و هيبريد سازي با DNA كاوشگر،استفاده مي شود .در اين تكنيكmRNA را از سلول مورد نظر جدا مي كنند و بدون هضم وبرش،آن را الكتروفورز مي كنند هر چند كهmRNA تك رشته اي است اما الكتروفورز آن در ژل در شرايط دناتوره كننده انجام مي شود تا مانع هيبريد شدن درون مولكولي گردد.چگونگي اتصال كاوشگر ،نمايانگر اندازه mRNAاست (و نه قطعه انحصاريDNA) و ميزان اتصال كاوشگر ها با فراواني مولكولهاي mRNAموجود در سلول متناسب است ،اين روش بررسي RNA،امروزه در سراسر جهان نورترن بلاتينگ (لكه گذاري شمالي )ناميده مي شود .مثل روش ساترن بلاتينگ كه براي تجزيه و تحليل DNA استفاده مي شود.تكنيك حساس تر ديگر،براي شناساييmRNA نسخه برداري شده از ژنهاي شناخته شده،سنجش محافظت در مقابلRNAse مي باشد .در اين تكنيك ،RNAسلولي با مقادير زيادي از كاوشگرRNA نشاندار شده با راديواكتيو با طول مشخص كه مكمل قسمتي از توالي ژن موردنظر مي باشد ،هيبريد(دورگه) مي شود .سپس RNAseبه مخلوط RNA اضافه مي شود كه فقط RNA تك رشته اي را هضم مي كند. اتصال RNAكاوشگر به mRNAسلول ،باعث تشكيل مولكولهاي دو رشته اي از RNA خواهد شد كه در برابر هضم با آنزيم RNAseمحافظت مي شوند .پس از هضمRNAتك رشته اي سلول وRNAكاوشگر هيبريد نشده ،RNAدو رشته اي نشاندار شده با راديواكتيو با روش الكتروفورز در ژل پلي اكريلاميد(PAGE)جدا مي شود و به كمك اتو راديو گرافي آشكار مي گردد.محل نوار راديو اكتيو ايجاد شده در ژل ،نشان دهنده حضور mRNAخاص مي باشد كه با توجه به اندازه RNA كاوشگر مشخص خواهد شد . همچنين شدت كدورت نوار متناسب با مقدار mRNA مورد نظر در نمونه اصلي مي باشد .به طور معمول چندين RNA كاوشگربا طولهاي متفاوت كه هر كدام مكمل ژني خاص مي باشند براي شناسايي همزمان حضور و تعيين مقدار چند ين mRNA مختلف در سلول ، استفاده مي شود .براي مثال مي توان مقادير نسبي مولكولهاي mRNA مربوط به جندين ژن سايتوكاين كه جمعيتي خاص از سلولهاي Tآنها را مي سازند را با يكبار آزمايش سنجش محافظت RNAseتعيين نمود .
